Sison sinh ngày 8 tháng 2 năm 1939 ở thị xã Cabugao, Ilocos Sur ở Philippines, trong một gia đình địa chủ có vai vế có tổ tiên từ Phúc Kiến và có các mối quan hệ với các dòng dọ nổi tiếng như Crisologos, Sollers, Serranos, và Singsons. Người chú bác của ông là Teófilo Sison, một nhà chính trị nổi bật bị kết án năm 1946 và đã hợp tác với quân chiếm đóng Nhật Bản.[3] Lúc còn nhỏ ở Ilocos, cậu bé đã theo học trường công trước khi nhập học Đại học Ateneo de Manila và sau đó học tại Colegio de San Juan de Letran.